Accanto alla Cattedrale e al Battistero sorge l’antico Palazzo Vescovile, che si può supporre sia la continuazione attraverso molti secoli della prima domus episcopi, parte importante del complesso episcopale insieme ai due edifici sacri.
La domus dei vescovi, dal basso medioevo, quando ha inizio la documentazione scritta, risulta esser stata quella giunta fino a oggi, che rivela le stesse vicende di stratificazioni storiche degli altri palazzi, pubblici e privati, della città antica. All’esterno il vasto edificio si presenta, dopo il restauro del 1976, come un importante palazzo tardo cinquecentesco del quale sono evidenti le fasi e la cronologia. Sull’angolo verso la via Bernardo Ricci la torre, conglobata nelle strutture successive e mozzata all’altezza del tetto, ha paramento in piccoli conci, molto alto, che la data a epoca piuttosto antica. Verso la via Bernardo Ricci è stata restaurata la facciata affrescata, con l’iscrizione che la attribuisce al vescovo Napoleone Fieschi (1463). Sulla lunga facciata verso il Battistero sono state messe in evidenza varie fasi e aperture che corrispondono ad altrettante logge, che probabilmente ospitavano attività commerciali ben note dalla documentazione relativa al grande mercato, il forum callegariorum che si estendeva dietro il Battistero e le absidi della Cattedrale e il forum vini proprio sotto il palazzo vescovile. Al livello del primo piano, un grande affresco “araldico” con gli stemmi del papa Sisto IV della Rovere, di vescovi e signori contribuisce a datare questa fase (1477); l’affresco è attribuito a Giovanni Canavesio, che risulta peraltro esser stato cappellano in Cattedrale negli stessi anni. La vasta facciata è stata in seguito unificata dal rifacimento dell’intero palazzo da parte dei vescovi G. B. Cicada e Luca Fieschi, con la sistemazione alle finestre delle belle cornici a crociera in pietra del Finale, che recano stemmi dei vescovi e date ed erano state rimosse ai primi dell’800, ma conservate nel palazzo, in pezzi. Al centro della facciata cinquecentesca il portale nella stessa pietra ricorda ancora i vescovi e data ulteriormente i lavori.
All’interno del palazzo, si ripercorrono le stesse fasi costruttive e nelle sale del museo i materiali sono stati esposti seguendo un criterio cronologico che in parte è legato alla fase architettonica delle sale. Nella prima, ospitata in una bella struttura con colonna e volta a ombrello, trecentesca, sono esposti i pregevolissimi pezzi altomedievali provenienti sia dallo scavo della Cattedrale sia dal Battistero, sculture e frammenti epigrafici. Il complesso del museo è introdotto dalla raffigurazione dell’intera Diocesi, tela di Bernardo Reubado, pittore locale molto legato alla famiglia del vescovo Pier Francesco Costa, quasi appendice alla descrizione della diocesi, il ben noto “Giardinello” che lo stesso vescovo faceva redigere.
Nella seconda sala, pertinente alla fase quattrocentesca verso la via Bernardo Ricci, materiali ceramici dallo scavo della Cattedrale e dipinti quattrocenteschi, in particolare dei De Rossi e gli scomparti con i santi Eligio e Ampelio del polittico attribuito a Luca Baudo già in Cattedrale. La terza sala detta “delle verzure” ha rivelato una decorazione quattrocentesca con parte a panneggio che fa supporre si trattasse della camera da letto del vescovo. Vi sono esposti, con altri, i pregevolissimi pezzi di oreficeria locale, le teste reliquiario di San Calocero e di San Verano, datate anche da documenti scritti, e la tavola quattrocentesca con i “Santi Eleuterio e Placido” (1457). La sala successiva, ricavata nella torre e nel Quattrocento divenuta cappella, ha importanti affreschi. Segue il grande salone cinquecentesco, dove sono esposti dipinti sia locali sia di ambito romano, dovuti alla committenza dei Costa: si segnalano in particolare il “San Giovannino nel deserto”, copia coeva dell’originale di Caravaggio ora a Kansas City, dalla antica parrocchiale di Conscente, la tela di Guido Reni, “Il martirio di Santa Caterina” pure dalla parrocchiale di Conscente e la pala di Giovanni Lanfranco con “Il miracolo di San Verano”, dalla Cattedrale. Ancora nella parte dell’ala monumentale del palazzo rivolta verso il Battistero, la Sala degli arazzi, importante collezione di manufatti di Bruxelles con scene della vita di Mosè, e “entrefenetres” di Audenarde, dovuta al lascito del vescovo settecentesco De Fornari, cui fanno seguito la sala di ricevimento dei vescovi e quella degli antichi paramenti.