La chiesa di Santa Maria in Fontibus ha subito varie traversie: la facciata, pur raffinata, è frutto di un rifacimento del primo Novecento, quando per allargare la centrale via Enrico D’Aste l’edificio subì il taglio di un’arcata interna e la facciata originaria venne arretrata di alcuni metri. All’interno si trovava un affresco che riproduceva la città di Albenga in epoca medioevale. L’affresco non fu salvato e ne rimane soltanto una foto conservata nell’Archivio storico.
Secondo una tradizione, non da tutti accolta, il bel portale e la bifora trecenteschi sulla facciata erano collocati all’ingresso della Cattedrale. Nel Settecento, per sistemare il portale attuale della Cattedrale, vennero trasferiti alla chiesa di Santa Maria. L’interno, rimasto spoglio per secoli, è stato decorato con stuccature dorate e altari moderni nel Novecento.